Faltaban dos tramos para el final, Bruno Magalhaes lideraba cuando en el tramo se encontró una piedra que le lleva a salirse de la carretera. Magalhaes para y hace parar a los demás participantes, intentando anular el tramo sin indicar el preceptivo OK cuando no hay heridos. Tras juzgar los hechos, los comisarios deportivos deciden penalizar a Magalhaes con 35 segundos lo que hace que esté fuera de los puestos de podium.
Con esa decisión Fontes se llevo la victoria que le permite aumentar su distancia en la clasificación general del Campeonato Portugés.
Clasificación final Rallye Madeira 2016:
1º José Pedro Fontes / Inês Ponte (Citroën DS3 R5), a 2:03:02,4s
2º Alexandre Camacho / Pedro Calado (Peugeot 208 T16 R5), a 1,0s
3º Miguel Nunes / João Paulo Fernandes (Ford Fiesta R5), a 27,8s
4º Miguel Campos / Vítor Calado (Skoda Fabia R5), a 40,6s
5º Ricardo Moura / António Costa (Ford Fiesta R5), a 2:30,6s
Clasificación Campeonato Portugués
1º José Pedro Fontes, 120,50 ptos
2º Pedro Meireles, 90 ptos
3º Miguel Campos, 74,75 ptos
4º Miguel Barbosa, 54,25 ptos
5º João Barros, 41,75 ptos